迷失岛2的二周目开启方式与一周目存在根本区别，需要玩家先完成一周目的全部流程。在游戏主界面点击新游戏选项后，系统会提示将擦除已有的游戏记录，确认后即可进入二周目，这个过程并非简单重置，而是保留了游戏核心机制的同时植入了大量新增内容。二周目本质上是对一周目世界的扩展与深化，它改变了游戏的线性进程，为玩家提供了重新探索岛屿并发现更深层秘密的机会。

二周目在游戏世界中添加了众多一周目中不存新道具与关键物品，这是两者最显著的差异之一。玩家在初始道路旁就能捡到神秘的三角块，这标志着已进入二周目；还需要收集新增的四块蓝色方块、红珠子等特定道具。场景探索范围也得到扩大，例如神庙二楼会出现一个带有六个三角形凹槽的密闭门，工厂区域开启了新的路径，金字塔门口右侧会出现可互动的墙洞，这些新增区域是推进二周目进程的必经之地。

谜题设计与解谜机制在二周目中发生了显著变化，许多机关和挑战都是全新的。灯塔二楼墙上的提示纸内容会更换，指向二周目专属的六个图案线索；神庙密室内会出现需要调整的齿轮机关，其密码源于对石碑图案和虫子内部画面的观察推算；工厂里新增的铁箱密码锁，则需依据神庙密室中章鱼图案的眼睛睁闭状态来解开。这些谜题不仅复杂度提升，而且与一周目的解谜逻辑形成区分，要求玩家进行独立推理。

二周目包含了独特的隐藏成就与扩展剧情内容，这些是一周目无法触及的。完成二周目流程可以解锁如南瓜先生大冒险、小三角大英雄及宇宙的尘埃等隐藏成就，它们通常需要特定交互方式或在结局后耐心等待才能触发。在剧情呈现上，二周目会通过老爷爷的全息影像提供额外指引，揭示关于星际旅行的线索；游戏结局也与一周目不同，火箭升空后可能进入隐藏场景，从而展现更完整的叙事层次。

一周目与二周目共同构成了迷失岛2的完整体验，二周目通过引入新道具、新场景、新谜题及隐藏剧情，极大地丰富了游戏的可探索性与重复游玩价值。这种设计鼓励玩家在熟悉的世界中进行更细致的观察与思考，从而揭开岛屿背后更为深刻的真相。